Hilfe

$ curl -s [-X GET|POST|PUT|HEADER] https://www.oa-deepgreen.de/api/v1/...

POST /validate?api_key=<api_key>
Content-Type: application/json

[Incoming Notification JSON]

POST /notification?api_key=<api_key>
Content-Type: multipart/form-data; boundary=FulltextBoundary

--FulltextBoundary

Content-Disposition: form-data; name="metadata"
Content-Type: application/json

[Incoming Notification JSON]

--FulltextBoundary

Content-Disposition: form-data; name="content"
Content-Type: application/zip

[Package]

--FulltextBoundary--

GET /routed[?<params>]

GET /routed/<repo_id>[?<params>]

GET /notification/<notification_id>

POST /config?api_key=<api_key>
Content-Type: application/json; charset=utf-8

[New (overwriting!) match config settings JSON]

GET /config?api_key=<api_key>

#! /usr/bin/env bash

host_url="https://www.oa-deepgreen.de"

if [ $# -ge 2 ]; then
  api_key=$1
  zip_file=$2
else
  echo "usage: `basename $0` {api-key} {zip-file}"
  exit -1
fi

curl=`which curl`
zipgrep=`which zipgrep`
wc=`which wc`

pkg_fmt="https://datahub.deepgreen.org/FilesAndJATS"
has_xml=`${zipgrep} "DOCTYPE article" ${zip_file} | ${wc} -l`

if [ ${has_xml} -eq 1 ]; then
  is_jrnl=`${zipgrep} "//NLM//DTD Journal " ${zip_file} | ${wc} -l`
  is_jats=`${zipgrep} "//NLM//DTD JATS " ${zip_file} | ${wc} -l`
  is_rsc=`${zipgrep} "//RSC//DTD RSC " ${zip_file} | ${wc} -l`
  if [ ${is_jrnl} -eq 1 ]; then
    pkg_fmt="https://datahub.deepgreen.org/FilesAndJATS"
  elif [ ${is_jats} -eq 1 ]; then
    pkg_fmt="https://datahub.deepgreen.org/FilesAndJATS"
  elif [ ${is_rsc} -eq 1 ]; then
    pkg_fmt="https://datahub.deepgreen.org/FilesAndRSC"
  else
    echo "error: no valid .xml (JATS or RSC) in zip archive found: stop."
    exit -2
  fi
else
  echo "error: no valid (or too many?!) .xml (JATS xor RSC) in zip archive found: stop."
  exit -3
fi

echo "`basename $0`: packaging format in zip archive found:"
echo "`basename $0`: ${pkg_fmt}"

${curl} -i -k -s -XPOST "${host_url}/api/v1/validate?api_key=${api_key}" -F "content=@${zip_file};type=application/zip" -F "metadata=@-;type=application/json" <<EOF
{
  "content" : {
     "packaging_format" : "${pkg_fmt}"
  }
}
EOF

echo

#! /usr/bin/env bash

host_url="https://www.oa-deepgreen.de"

if [ $# -ge 2 ]; then
  api_key=$1
  zip_file=$2
else
  echo "usage: `basename $0` {api-key} {zip-file}"
  exit -1
fi

curl=`which curl`
zipgrep=`which zipgrep`
wc=`which wc`

pkg_fmt="https://datahub.deepgreen.org/FilesAndJATS"
has_xml=`${zipgrep} "DOCTYPE article" ${zip_file} | ${wc} -l`

if [ ${has_xml} -eq 1 ]; then
  is_jrnl=`${zipgrep} "//NLM//DTD Journal " ${zip_file} | ${wc} -l`
  is_jats=`${zipgrep} "//NLM//DTD JATS " ${zip_file} | ${wc} -l`
  is_rsc=`${zipgrep} "//RSC//DTD RSC " ${zip_file} | ${wc} -l`
  if [ ${is_jrnl} -eq 1 ]; then
    pkg_fmt="https://datahub.deepgreen.org/FilesAndJATS"
  elif [ ${is_jats} -eq 1 ]; then
    pkg_fmt="https://datahub.deepgreen.org/FilesAndJATS"
  elif [ ${is_rsc} -eq 1 ]; then
    pkg_fmt="https://datahub.deepgreen.org/FilesAndRSC"
  else
    echo "error: no valid .xml (JATS or RSC) in zip archive found: stop."
    exit -2
  fi
else
  echo "error: no valid (or too many?!) .xml (JATS xor RSC) in zip archive found: stop."
  exit -3
fi

echo "`basename $0`: packaging format in zip archive found:"
echo "`basename $0`: ${pkg_fmt}"

${curl} -i -k -s -XPOST "${host_url}/api/v1/notification?api_key=${api_key}" -F "content=@${zip_file};type=application/zip" -F "metadata=@-;type=application/json" <<EOF
{
    "content" : {
        "packaging_format" : "${pkg_fmt}"
    }
}
EOF

echo

POST /validate?api_key=<api_key>
Content-Type: application/json

[Incoming Notification JSON]

HTTP 1.1  400 Bad Request
Content-Type: application/json

{
  "error" : "<verständliche(!) Fehlermeldung (auf englisch)>"
}

POST /notification?api_key=<api_key>
Content-Type: multipart/form-data; boundary=FulltextBoundary

--FulltextBoundary

Content-Disposition: form-data; name="metadata"
Content-Type: application/json

[Incoming Notification JSON]

--FulltextBoundary

Content-Disposition: form-data; name="content"
Content-Type: application/zip

[Package]

--FulltextBoundary--

POST /notification?api_key=<api_key>
Content-Type: multipart/form-data; boundary=FulltextBoundary

--FulltextBoundary

Content-Disposition: form-data; name="metadata"
Content-Type: application/json

{
    "content" : {
        "packaging_format" : "https://datahub.deepgreen.org/FilesAndJATS"
    }
}

--FulltextBoundary

Content-Disposition: form-data; name="content"
Content-Type: application/zip

[Package]

--FulltextBoundary--

HTTP 1.1  202 Accepted
Content-Type: application/json
Location: <URL des api-Endpunkts der akzeptierten Lieferung>

{
  "status" : "accepted",
  "id" : "<eindeutige ID dieser neuen Notifikation>",
  "location" : "<URL des api-Endpunkts dieser Notifikation>"
}

HTTP 1.1  400 Bad Request
Content-Type: application/json

{
  "error" : "<verständliche(!) Fehlermeldung (auf englisch)>"
}

GET <http-Adresse/...>?since=<YYYY-MM-DD>
#
# Angabe erforderlich; bestimmt, von wann ab die Notifikationen gelistet werden
#

GET <http-Adresse/...>?pageSize=<number>
#
# Angabe optional, voreingestellt auf 25, maximal 100; bestimmt, wieviele Datensätze auf einmal ausgegeben werden
#

GET <http-Adresse/...>?page=<number>
#
# Angabe optional, voreingestellt auf 1; bestimmt, welche Seite der Resultate ausgegeben wird
#

GET <http-Adresse/...>?api_key=<api_key>
#
# Angabe optional; mit der Angabe wird die Anfrage authentifiziert (z.B. für den Bezug von Volltexten)
#

{
  "analysis_date": "2016-08-09T14:22:11Z",
  "content": {
    "packaging_format": "string"
  },
  "created_date": "2016-08-09T14:22:11Z",
  "embargo": {
    "duration": 0
  },
  "id": "string",
  "issn_data": "string",
  "links": [
    {
      "format": "string",
      "packaging": "string",
      "type": "string",
      "url": "string"
    }
  ],
  "metadata": {
    "author": [
      {
        "affiliation": "string",
        "firstname": "string",
        "identifier": [
          {
            "id": "string",
            "type": "string"
          }
        ],
        "lastname": "string",
        "name": "string"
      }
    ],
    "date_accepted": "2016-08-09T14:22:11Z",
    "date_submitted": "2016-08-09T14:22:11Z",
    "fpage", "string",
    "identifier": [
      {
        "id": "string",
        "type": "string"
      }
    ],
    "issue", "string",
    "journal", "string",
    "license_ref": {
      "title": "string",
      "type": "string",
      "url": "string",
      "version": "string"
    },
    "lpage", "string",
    "project": [
      {
        "grant_number": "string",
        "identifier": [
          {
            "id": "string",
            "type": "string"
          }
        ],
        "name": "string"
      }
    ],
    "publication_date": "2016-08-09T14:22:11Z",
    "publisher": "string",
    "source": {
      "identifier": [
        {
          "id": "string",
          "type": "string"
        }
      ],
      "name": "string"
    },
    "subject": [
      "string"
    ],
    "title": "string",
    "volume": "string"
  }
}

GET /routed?since=<YYYY-MM-DD>[&<other params>]

HTTP 1.1  200 OK
Content-Type: application/json

{
  "since" : "<Datumsangabe der Form YYYY-MM-DDThh:mm:ssZ>",
  "page" : "<Seitenzahl dieser Trefferausgabe>",
  "pageSize" : "<Anzahl der Trefferausgabe pro Seite>",
  "timestamp" : "<Zeitstempel der Anfrage>",
  "total" : "<Anzahl der Treffer zu dieser Zeit>",
  "notifications" : [
     "<Liste der 'Outgoing Notification'-JSON-Objekte>"
  ]
}

HTTP 1.1  400 Bad Request
Content-Type: application/json

{
  "error" : "<verständliche(!) Fehlermeldung (auf englisch)>"
}

GET /routed/<repo_id>?since=<YYYY-MM-DD>[&<other params>]

HTTP 1.1  200 OK
Content-Type: application/json

{
  "since" : "<Datumsangabe der Form YYYY-MM-DDThh:mm:ssZ>",
  "page" : "<Seitenzahl dieser Trefferausgabe>",
  "pageSize" : "<Anzahl der Trefferausgabe pro Seite>",
  "timestamp" : "<Zeitstempel der Anfrage>",
  "total" : "<Anzahl der Treffer zu dieser Zeit>",
  "notifications" : [
     "<Liste der 'Outgoing Notification'-JSON-Objekte>"
  ]
}

HTTP 1.1  400 Bad Request
Content-Type: application/json

{
  "error" : "<verständliche(!) Fehlermeldung (auf englisch)>"
}

GET /notification/<notification_id>

HTTP 1.1  200 OK
Content-Type: application/json

[Outgoing Notification JSON]

"links" : [
   {
     "type" : "package",
     "format" : "application/zip",
     "url" : "https://www.oa-deepgreen.de/api/v1/notification/123456789/content",
     "packaging" : "https://datahub.deepgreen.org/FilesAndJATS"
   },
   {
     "type" : "package",
     "format" : "application/zip",
     "url" : "https://www.oa-deepgreen.de/api/v1/notification/123456789/content/SimpleZip",
     "packaging" : "http://purl.org/net/sword/package/SimpleZip"
   }
 ]

GET <links url>?api_key=<api_key>

HTTP 1.1  200 OK
Content-Type: application/zip

[(binäres) Paket]

GET /config?api_key=<api_key>

HTTP 1.1  200 OK
Content-Type: application/json

[matching Kriterien JSON]

POST /config?api_key=<api_key>
Content-Type: application/json; charset=utf-8

[Overwriting new match config settings JSON]

HTTP 1.1  200 OK
Content-Length: 0

{
  "name_variants": [
    "Academia Fridericiana Erlangensis",
    "Academia Friderico Alexandrina Erlangen-Nürnberg",
    "Academia Friderico-Alexandrina",
    "Academia Regia Bavarica Friderico-Alexandrina",
    "Academia Regia Friderico-Alexandrina",
    "Bayerische Friedrich-Alexanders-Universität",
    "F.A.U. Erlangen-Nürnberg",
    "University of Erlangen"
  ],
  "grants": [
    "2491691", "2673762", "6273863"
  ],
  "domains": [
    "fau.de", "uk-erlangen.de", "uni-erlangen.de"
  ],
  "keywords": [
    "research", "bavarian", "erlangen"
  ]
}

$ curl -s https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/...

GET /all[?<params (i.e. oai_verb + params)>]

GET /repo/<repo_id>[?<params (i.e. oai_verb + params)>]

$ curl -k -s https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/all?verb=Identify | xml_pp
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<OAI-PMH xmlns="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
  <responseDate>2018-08-17T10:47:33Z</responseDate>
  <request verb="Identify">http://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/all</request>
  <Identify>
    <repositoryName>DeepGreen Prototype OAI-PMH Endpoint</repositoryName>
    <baseURL>http://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/all</baseURL>
    <protocolVersion>2.0</protocolVersion>
    <adminEmail>***</adminEmail>
    <earliestDatestamp>2018-05-19T08:47:33Z</earliestDatestamp>
    <deletedRecord>transient</deletedRecord>
    <granularity>YYYY-MM-DDThh:mm:ssZ</granularity>
  </Identify>
</OAI-PMH>

GET <hhtp-Adresse/...>?verb=Identify
#
# Dieses OAI-Verb hat keine weiteren Parameter
#

GET <http-Adresse/...>?verb=[ListIdentifiers|ListRecords]&from=<YYYY-MM-DD>
#
# Angabe optional; bestimmt, von wann ab die Notifikationen gelistet werden
#

GET <http-Adresse/...>?verb=[ListIdentifiers|ListRecords]&until=<YYYY-MM-DD>
#
# Angabe optional, gibt ein (maximales) Enddatum an, bis wohin die Notifikationen gelistet werden
#

GET <http-Adresse/...>?verb=GetRecord?identifier=<oai_id>
#
# Angabe erforderlich; gibt für dieses OAI-Verb den bestimmen Datensatz an, der geholt werden soll
#

HTTP 1.1  200 OK
Content-Type: text/xml; charset=utf-8

[XML response to OAI-PMH request;
 either content (e.g. list of records) or error message]

#
#  ListIdentifiers
#
$ curl -k -s "https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/repo/1234567890?verb=ListIdentifiers&metadataPrefix=oai_dc" | xml_pp
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<OAI-PMH xmlns="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
  <responseDate>2018-08-20T12:03:31Z</responseDate>
  <request metadataPrefix="oai_dc" verb="ListIdentifiers">http://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/repo/1234567890</request>
  <ListIdentifiers>
    <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
      <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
      <datestamp>2018-08-03T07:56:26Z</datestamp>
    </header>
    <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
      <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
      <datestamp>2018-07-04T12:41:44Z</datestamp>
    </header>
    <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
      <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
      <datestamp>2018-06-18T13:39:04Z</datestamp>
    </header>
  </ListIdentifiers>
</OAI-PMH>

#
#  ListRecords
#
$ curl -k -s "https://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/repo/1234567890?verb=ListRecords&metadataPrefix=oai_dc" | xml_pp
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<OAI-PMH xmlns="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
  <responseDate>2018-08-20T12:24:10Z</responseDate>
  <request metadataPrefix="oai_dc" verb="ListRecords">http://www.oa-deepgreen.de/oaipmh/repo/1234567890</request>
  <ListRecords>
    <record>
      <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
        <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
        <datestamp>2018-08-10T08:29:00Z</datestamp>
      </header>
      <metadata xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
        <oai_dc:dc xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
          <dc:title>Healthcare IT Utilization and Penetration among Physicians: Novel IT Solutions in Healthcare – Use and Acceptance in Hospitals</dc:title>
          <dc:publisher>S. Karger AG</dc:publisher>
          <dc:identifier>issn:0014-312X</dc:identifier>
          <dc:identifier>issn:1421-9921</dc:identifier>
          <dc:identifier>doi:10.1159/000490241</dc:identifier>
          <dc:creator>Ferdinand Vogt</dc:creator>
          <dc:creator>Fritz Seidl</dc:creator>
          <dc:creator>Giuseppe Santarpino</dc:creator>
          <dc:creator>Martijn van Griensven</dc:creator>
          <dc:creator>Martin Emmert</dc:creator>
          <dc:creator>Guenther Edenharter</dc:creator>
          <dc:creator>Dominik Pförringer</dc:creator>
          <dc:contributor>eDepartment of Anaesthesiology, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>bDepartment of Trauma Surgery, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>bDepartment of Trauma Surgery, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany; cDepartment of Experimental Trauma Surgery, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>aDepartment of Cardiac Surgery, Klinikum Nürnberg, Paracelsus Medical University, Nuremberg, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>cDepartment of Experimental Trauma Surgery, Klinikum rechts der Isar, Technical University of Munich, Munich, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>dInstitute of Management (IFM), School of Business and Economics, Friedrich Alexander University Erlangen-Nuremberg, Nuremberg, Germany</dc:contributor>
          <dc:date>2018-07-26T00:00:00Z</dc:date>
          <dc:rights>Alliance License DFG</dc:rights>
          <dc:subject>Original Paper</dc:subject>
          <dc:subject>Health monitoring</dc:subject>
          <dc:subject>Information technology</dc:subject>
          <dc:subject>Physicians</dc:subject>
          <dc:subject>Demand</dc:subject>
          <dc:subject>Outlook</dc:subject>
          <dc:subject>Expectations</dc:subject>
          <dc:subject>Data storage</dc:subject>
          <dc:subject>Healthcare IT</dc:subject>
        </oai_dc:dc>
      </metadata>
    </record>
    <record>
      <header xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
        <identifier>oai:www.oa-deepgreen.de/notification:*****</identifier>
        <datestamp>2018-08-10T08:34:06Z</datestamp>
      </header>
      <metadata xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:oai_dc="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/oai_dc/">
        <oai_dc:dc xsi:schemaLocation="http://www.openarchives.org/OAI/2.0/ http://www.openarchives.org/OAI/2.0/OAI-PMH.xsd">
          <dc:title>Gastrointestinal Stromal Tumors: Clinical Symptoms, Location, Metastasis Formation, and Associated Malignancies in a Single Center Retrospective Study</dc:title>
          <dc:publisher>S. Karger AG</dc:publisher>
          <dc:identifier>issn:0257-2753</dc:identifier>
          <dc:identifier>issn:1421-9875</dc:identifier>
          <dc:identifier>doi:10.1159/000489556</dc:identifier>
          <dc:creator>Ali Aghdassi</dc:creator>
          <dc:creator>Agnes Christoph</dc:creator>
          <dc:creator>Frank Dombrowski</dc:creator>
          <dc:creator>Paula Döring</dc:creator>
          <dc:creator>Christoph Barth</dc:creator>
          <dc:creator>Jan Christoph</dc:creator>
          <dc:creator>Markus M. Lerch</dc:creator>
          <dc:creator>Peter Simon</dc:creator>
          <dc:contributor>aDepartment of Medicine A, University Medicine Greifswald, Greifswald, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>dChair of Medical Informatics, Friedrich-Alexander-University Erlangen-Nürnberg, Erlangen, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>cGastroenterologische Praxis, Kempten, Germany</dc:contributor>
          <dc:contributor>bInstitute of Pathology, University Medicine Greifswald, Greifswald, Germany</dc:contributor>
          <dc:date>2018-06-05T00:00:00Z</dc:date>
          <dc:rights>Alliance License DFG</dc:rights>
          <dc:subject>Stomach and Duodenum: Original Paper</dc:subject>
          <dc:subject>Gastrointestinal stromal tumor</dc:subject>
          <dc:subject>Gastrointestinal oncology</dc:subject>
          <dc:subject>Gastrointestinal symptoms</dc:subject>
          <dc:subject>Gastrointestinal tract</dc:subject>
          <dc:subject>Metastasis</dc:subject>
          <dc:subject>Recurrence</dc:subject>
        </oai_dc:dc>
      </metadata>
    </record>
  </ListRecords>
</OAI-PMH>

Feldbezeichner	Beschreibung
analysis_date	Zeitpunkt der Zustellanalyse
content.packaging_format	Format der zugehörigen Binärpakets (meist .zip)
created_date	Zeitpunkt, wann die Notifikation angelegt wurde
embargo.duration	Sperrzeit (Embargo; angegeben in Monaten)
id	Persistenter System-ID für diese Notifikation
links.format	MIME-Typ der Quelle
links.packaging	Paketformat der Quelle
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